實驗室設計應保證生物、化學和物理危害在工作區域的風險程度控制在相應的保護水平，防止危害進入周圍環境。為了實現這一目標，實驗室設計尤為重要。建筑業和生物安全領域的相關國家或行業標準必須嚴格執行設計和施工圖紙。除了自身獨特的施工要求和管理規定外，生物安全實驗室基本上可以說是負壓清潔實驗室。關于潔凈室的建設也可以參考GB50073-2001《潔凈廠房設計規范》、GB50243-2002《通風與空調工程施工及驗收規范》、JGJ71-1990《潔凈室施工及驗收規范》、GB15982-1995《醫院消毒衛生標準》、《醫院潔凈手術部建筑技術規范》GB50333-2002、國家污水綜合排放標準GB8978-1996等。設計圖紙和竣工圖應按規定歸檔保存。如需報規劃部門或者環保部門審批，應當辦理審批手續。

　　雖然設計圖紙是由設計單位提出并繪制的，但實驗室的設計不僅僅是設計單位的問題，更需要實驗室人員、基礎設施人員和設計人員的密切配合。設計單位的設計人員往往不了解實驗室的具體情況，實驗室建設者(使用單位基礎設施部門和實驗室使用者)通常要在這個內容中承擔更多的工作。能否形成良好的設計，是設計人員與實驗室人員積極有效溝通的關鍵。實驗人員提出的具體建設要求，在一定程度上決定了他們未來的工作環境和工作條件。實驗人員應首先擬定一個平面布局草圖，并在所需網絡、電話、實驗設備等方面注明各個區域的名稱、功能和特殊要求。要求越細越好。例如，清潔度要求的區域應注明清潔水平和出風口位置;每個房間的用電負荷應該概括;繪圖表面儀器設備的位置和具體用電要求，以便設計人員設計實驗室內電路;如果設備有高電負荷或特殊用電需求，應標明設備的位置并說明用電情況;標明試驗臺、水池、電源插座、通風柜、傳送窗等設施的具體位置;要求實驗室設備的材料和風格。如果是改造項目或新項目的裝修階段，設計師有時需要與實驗室工作人員現場檢查房屋狀況，防止原始圖紙與現場狀況不一致。此外，需要提到的是，設計公司是否專業，是否有這方面的工作經驗也很重要。如果能找到一家經驗豐富的專業實驗室工程公司，實驗室工作人員的設計壓力可以大大減輕，高質量的生物安全實驗室可以建成。